В Linux лучше создать отдельного пользователя для пользования кошельком и зашифровать его домашнюю директорию, где хранится файл wallet.dat.

Следующая инструкция должна работать на ubuntu и debian.

apt-get install ecryptfs-utils

У меня правда выдала система сначала:

Cannot get ecryptfs version, ecryptfs kernel module not loaded?

Чтобы загрузить модуль: выполнила команду:

modprobe ecryptfs

После повторяем установку.

Шифруем пользователю его home-директорию.

ecryptfs-migrate-home -u yourname

Далее система нам сообщит, что делать. Выполним ее инструкции

1) Заходим под логином, для которого делали шифрование.
2)Если все работает - удаляем резервную директорию вида:
/home/username.E2u2bStH
Если нет - востанавливаем из нее домашнюю директорию пользователя.
3) От этого же пользователя выполняем:

ecryptfs-unwrap-passphrase

вводим пароль учетки, он выдаст в ответ ключ вида:
72ade4376aeed3f4690da7ff52677dc2
С этим ключом можно получить доступ к home директории с другого компьютера. Поэтому его надо сохранить надежно.

4) Перезагружаем компьютер. Всё, home-директория зашифрована

У меня после этого от моего пользователя по ssh доступ был. Но вообще может пропасть, так как ssh будет использовать файл ~/.ssh/authorized_keys для логина. Но этот файл будет недоступен, если home директория зашифрована.
В таком случае можно переместить файл в другое место.
Сначала для этого поправить: /etc/ssh/sshd_config , раскомментировав строку

#AuthorizedKeysFile<--->%h/.ssh/authorized_keys

и указав новое место хранения,

используя полный путь. Например,

AuthorizedKeysFile /etc/ssh/.authorized_keys

И поместить наши открытые ключи в новый файл.